Лаборатория метагеномики и молекулярной индикации патогенов

Заведующий лабораторией кандидат медицинских наук, доцент Бруснигина Нина Федоровна

Изучение нуклеиновых кислот микроорганизмов в Нижегородском НИИ эпидемиологии и микробиологии началось с 1959 г. по инициативе директора института академика АМН СССР Блохиной И.Н. и при поддержке академика АН СССР А.Н. Белозерского. В 1973 г. была образована лаборатория геносистематики бактерий (одна из первых в СССР), которую возглавила доктор биологических наук Леванова Г.Ф. С 1989г.  по 2012г.  лабораторией руководил доктор биологических наук Мазепа Владимир Николаевич. В настоящее время  заведуюшим лабораторией является кандидат медицинских наук, доцент Бруснигина Нина Федоровна.

В 2013 г. лаборатория молекулярно-генетических методов надзора за инфекционными заболеваниями была переименована в лабораторию метагеномики и молекулярной индикации патогенов.

В лаборатории работают 5 кандидатов биологических наук. На базе лаборатории с 1996 г. функционирует Волго-Вятский региональный научно-практический центр по индикации,  идентификации и таксономии микроорганизмов и организации противоэпидемической работы в экстремальных условиях. Центр оказывает научно-методическую, консультативную и диагностическую помощь учреждениям здравоохранения и Роспотребнадзора.

Основные научные направления лаборатории:

• Изучение видового разнообразия и генетических особенностей патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, циркулирующих на территории Нижегородского региона.
• Полногеномное, мультилокусное секвенирование бактериальных геномов.
• Создание и апробация ПЦР-тест-систем, разработка оптимальных алгоритмов их применения в диагностике инфекционных заболеваний.
• Мониторинг труднокультивируемых и некультивируемых форм микроорганизмов, в том числе микоплазм, хламидий и  вирусов группы герпеса. Детекция редких форм бактерий, вирусов и их ассоциаций.
• Изучение генетической вариабельности и антибиотикорезистентности генитальных микоплазм, ассоциированных с воспалительными заболеваниями органов урогенитального тракта.
• Изучение этиологической структуры воспалительных заболеваний органов дыхания с использованием молекулярно-генетических методов исследования.
• Мониторинг вирусов  папилломы человека высокого канцерогенного риска с целью профилактики онкозаболеваний.
• Индикация,  идентификация бактериальных и вирусных возбудителей нейроинфекций.
• Мониторинг возбудителей негонококовых урогенитальных инфекций с целью профилактики внутриутробного инфицирования и снижения детской смертности 

Основные научные достижения лаборатории:

• В лаборатории методом ПЦР выявляются актуальные инфекционные агенты: возбудители урогенитальных инфекций (хламидии, микоплазмы, уреаплазмы, нейссерии, цитомегаловирус, герпесвирусы разных типов, папилломавирусы человека высокого канцерогенного риска и др.); возбудители воспалительных заболеваний органов дыхания, возбудители нейроинфекций (менингококки, пневмококки, гемофилы, энтеровирусы), возбудители парентеральных вирусных гепатитов В, С, D, G, TTV (с оценкой вирусной нагрузки и генотипированием вируса гепатита С); возбудители острых кишечных инфекций (сальмонеллы, шигеллы, энтеровирусы, вирус гепатита А и др.); хеликобактер пилорический.
• В лаборатории создана панель ДНК-зондов для выявления генов вирулентности энтеробактерий (термолабильного, термостабильного, шигаподобного энтеротоксинов, фактора инвазивности, фактора адгезии). На зонды для выявления гена термолабильного токсина и оперона фактора адгезии CFAI имеются патенты Российской федерации. Совместно с лабораторией молекулярных методов диагностики Центрального НИИ эпидемиологии разработана ПЦР тест система для детекции бактерий рода Шигелла и энтероинвазивных эшерихий.
• Разработан комплексный метод диагностики хеликобактерной инфекции, позволяющей определять количество возбудителя, контролировать эффективность проведенной терапии, выявлять гены патогенности и устойчивости к антибиотикам Helicobacter pylori.
• Предложен оптимальный алгоритм выявления негонококковых урогенитальных инфекций и возбудителей воспалительных заболеваний органов дыхания. В лаборатории осуществляются микробиологические исследования различных видов клинического материала с целью определения этиологически значимого титра и антибиотикорезистентности уреаплазм и микоплазм.
• Разработаны методические рекомендации по выявлению возбудителелей воспалительных и инфекционно-аллергических заболеваний органов дыхания (бронхиты, пневмонии, бронхиальная астма). Предложенные диагностические алгоритмы используются в лечебных учреждениях Нижнего Новгорода.
• Получен патент РФ №2406088 от 10.12.2010 «Способ выявления редких и труднокультивируемых форм возбудителей воспалительных заболеваний органов дыхания (Сytomegalovirus, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Legionella pneumophila, Moraxella catarrhalis) с использованием метода ПЦР»
• Разработаны методические рекомендации по проблеме ПЦР-диагностики микоплазмозов и герпесвирусных инфекций у детей.

В настоящее время лаборатория оказывает помощь практическому здравоохранению в диагностике более 30 нозологических форм инфекций и расшифровке вспышечной заболеваемости.
Сотрудниками лаборатории защищены: 2 докторские, 8 кандидатских диссертаций, получено 8 патентов на изобретения, опубликовано 4 монографии более 350 печатных работ, осуществлено руководство над 22 дипломными работами.

список наиболее значимых публикаций

Перечень видов научно-исследовательской деятельности, предлагаемой на договорной основе научным и практическим учреждениям здравоохранения, санэпиднадзора, заинтересованным организациям:

• Полногеномное  и мультилокусное секвенирование бактериальных ДНК с целью поиска и маркирования эпидемически значимых штаммов патогенных и условно-патогенных микроорганизмов при эпидемиологических расследованиях.
• Определение структуры микробиоценозов различных биотопов человека с использованием метагеномного секвенирования.
• Разработка и оптимизация алгоритмов детекции и идентификации микроорганизмов, в том числе труднокультивируемых и генномодифицированных. Детекция редких форм бактерий, вирусов и их ассоциаций.
• Создание и апробация ДНК-РНК-диагностикумов, базирующихся на технологиях направленной амплификации нуклеиновых кислот и биочипов.
• Апробация новых ПЦР-тест-систем, разработанных научными учреждениями РФ.
• Определение генов факторов патогенности (токсигенность, инвазивность и др) в штаммах энтеробактерий ( шигелл, сальмонелл, эшерихий и др.).
• Анализ плазмидных профилей штаммов различных бактерий.
• Индикация, идентификация и эпидемиологическое маркирование бактериальных и вирусных возбудителей нейроинфекций (гнойных и серозных менингитов).
• Оказание консультативной помощи специалистам  лабораторных служб по современным методам ДНК-РНК диагностики
• Оказание всесторонней помощи медицинским учреждениям различного профиля в области диагностики инфекционных заболеваний.
• Оказание помощи учреждениям Роспотребнадзора при расследовании вспышечной заболеваемости острыми кишечными инфекциями.
• Оказание помощи учреждениям здравоохранения в этиологической расшифровке внебольничных пневмоний.
• Разработка алгоритмов действий при организации противоэпидемической работы в экстремальных условиях.

Перечень лабораторно-диагностических услуг, предлагаемых заинтересованным организациям и физическим лицам на договорной основе:

• Выявление методом ПЦР (традиционная ПЦР, ПЦР «end point», «Real time» ПЦР) в различных биологических субстратах (кровь, моча, слюна, слезное отделяемое, соскобы слизистых уретры, цервикального канала и т.д.), в продуктах питания и объектах внешней среды широкого спектра инфекционных агентов:
• Микробиологическое исследование мочи, соскобов слизистых различных отделов урогенитального тракта с целью определения клинически значимых концентраций и чувствительности к антибиотикам Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis.

Участие в выполнении исследований высококвалифицированных научных сотрудников, имеющих ученые степени кандидатов медицинских и биологических наук, обеспечивает высокое качество исследований и объективную трактовку результатов.

Время приема анализов и выдача результатов: понедельник – пятница с 9.00 до 16.30

подробнее

Контактный телефон (831) 432-87-91 Бруснигина Нина Федоровна

E-mail: mazepavn@mail.ru

Адрес: ул. Родионова, д. 192