Молекулярно-эпидемиологический мониторинт COVID-19 в субъектах Приволжского федерального округа в 2023 г. Информационный бюллетень № 4.
Эпидемиологический мониторинг COVID-19 в субъектах Приволжского федерального округа в 2022г. Информационный бюллетень № 3.
Эпидемиологический мониторинг COVID-19 в субъектах Приволжского федерального округа в 2021г. Информационный бюллетень № 2.
Эпидемиологический мониторинг COVID-19 в субъектах Приволжского федерального округа в 2020-2021гг. Информационный бюллетень № 1.
О разработке прототипа ДНК-биочипа для параллельной индикации актуальных возбудителей внебольничных пневмоний
В настоящее время во ФБУН ННИИЭМ им.академика И.Н.Блохиной Роспотребнадзора в рамках Отраслевой научно-исследовательской программы Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека начаты исследования, посвященные разработке прототипа ДНК-биочипа для параллельной индикации актуальных возбудителей внебольничных пневмоний, обусловленных широким спектром бактериальных и вирусных патогенов, в том числе новым коронавирусом SARS-CoV-2. Разработка и применение в лабораторной практике диагностического инструмента в формате ДНК-биочипа позволит осуществлять комплексную дифференциальную этиологическую диагностику внебольничных пневмоний, проводить расследование вспышечной и групповой заболеваемости, своевременно реализовывать противоэпидемические мероприятия, необходимы для оптимизации системы эпидемиологического надзора и контроля за внебольничными пневмониями на региональном и национальном уровнях.
ДНК-биочип – это диагностический инструмент, основанный на определении набора наиболее дивергентных участков геномов актуальных бактериальных и вирусных возбудителей внебольничных пневмоний (Mycoplasma pneumoniae, Streptococcus pneumoniaе, Chlamydophila pneumonia, Legionella pneumophila, Haemopilus influenzae, респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4 типов, коронавирусов, риновирусов, аденовирусов групп В, С и Е), позволяющий обнаруживать в различных биологических субстратах (мокрота, кровь, бронхоальвеолярный лаваж, слюна) одновременно до 12–14 инфекционных агентов.
Биочип представляет собой экспресс-тест, дающий возможность выбрать единственно верный диагностический вариант. Он выглядит как небольшая пластина, размером 25х75 мм, на котором искусственно синтезированы короткие олигонуклеотидные зонды, позволяющие определять «генетический портрет» возбудителей внебольничных пневмоний. ДНК-биочип не вживляют в организм человека, у пациента в медицинской организации забирают образцы биоматериала и направляют в лабораторию, где с помощью биочипа определяют в образце наличие того или иного инфекционного агента.
В рамках проводимых исследований будет разработан протокол пробоподготовки различного типа биологического материала для обнаружения возбудителей внебольничной пневмонии с помощью разрабатываемого в институте ДНК-биочипа, будет проведена оценка точности получаемых результатов, в сравнении с результатами полимеразной цепной реакции. Апробация полученного ДНК-биочипа на модельных и клинических образцах пациентов планируется в 2023–2024 гг.
Об изучении противовирусной активности отдельных пробиотических штаммов лакто- и бифидобактерий во ФБУН ННИИЭМ им.академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора
В настоящее время у мирового научного сообщества вызывает высокий интерес вопрос взаимодействия пробиотических бактерий родов Lactobacillus и Bifidobacterium с вирусами, в связи с использованием их для профилактики и лечения вирусных инфекций.
Учеными ФБУН ННИИЭМ им.академика И.Н.Блохиной Роспотребнадзора была изучена противовирусная активность шести производственных пробиотических штаммов – L. plantarum 8 RA 3, L. fermentum 39, L. fermentum 90 TC-4, B. bifidum 1, B. bifidum 791 и B. longum 379, составляющих микробную основу жидких пробиотических БАД к пище группы LB-комплекс («LB-комплекс», «LB-комплекс Л», «LL-комплекс»), разработанных и выпускающихся в институте (свидетельства о государственной регистрации RU.77.99.88.003.E.000946.01.15, RU.77.99.88.003.E.002522.06.18; RU77.99.88.003.R.003638.10.19).
Сотрудниками Нижегородского НИИЭМ были проведены работы по изучению взаимодействия штаммов L. plantarum 8 RA 3 и L. fermentum 39 с ротавирусами. Установлено, что клетки L. fermentum 39 способны адсорбировать на себе ротавирусные частицы, что позволяет научно обосновать новый аспект применения пробиотиков, включающих данный штамм, при острых гастроэнтеритах, вызванных ротавирусами человека.
Результаты проведенных исследований оформлены в научную статью, которая опубликована в журнале «Микробиология»: Соловьева И.В., Новикова Н.А., Точилина А.Г., Белова И.В., Кашников А.Ю., Сашина Т.А., Жирнов В.А., Молодцова С.Б. Пробиотический штамм Lactobacillus fermentum 39: биохимические свойства, особенности генома, антивирусная активность // Микробиология. – 2021. – Т. 90, № 2. – С. 215–222. (DOI: 10.31857/S0026365621020142).
Сотрудниками Нижегородского НИИЭМ, совместно с учеными ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора (г. Новосибирск) был проведен анализ полного генома пробиотических штаммов L. plantarum 8 RA 3, L. fermentum 90 TC-4, L. fermentum 39, B. bifidum 791, B. bifidum 1, B. longum 379 и изучение их активности в отношении вирусов высокопатогенного гриппа А – A/Lipetsk/1V/2018 (H1N1 pdm09) (EPI_ISL_332798), A/common gull/Saratov/1676/2018 (H5N6) (EPI_ISL_336925) и вируса SARS-CoV-2 штамм Australia/VIC01/2020 (GenBank: MT007544.1). В результате было подтверждено, что противовирусная активность является штаммоспецифичным признаком и установлено, что штаммы L. fermentum 39, L. fermentum 90 TC-4 и B. bifidum 791 проявляют выраженную активность против вирусов гриппа А в клетках MDCK. Активность против вируса SARS-CoV-2 была продемонстрирована только штаммом L. fermentum 90 TC-4 в клетках VERO. Таким образом, было доказано, что штаммы L. fermentum 39, L. fermentum 90 TC-4 и B. bifidum 791 обладают выраженной противовирусной активностью, а пробиотики, содержащие эти штаммы, могут использоваться для профилактики заболеваний, вызываемых ротавирусами, вирусами гриппа А и вирусом SARS-CoV-2.
Содержащие эти штаммы лекарственные средства и БАД к пище целесообразно использовать в комплексных программах лечения и реабилитации больных с вирусными инфекциями. Результаты проведенных исследований оформлены в совместную научную статью, которая опубликована в зарубежном журнале «Biomed Research International» Soloveva I.V., Ilyicheva T.N., Marchenko V.Yu., Pyankov O.V., Tochilina A.G., Belova I.V., Zhirnov V.A., Bormotov N.I., Skarnovich M.O., Durymanov A.G., Molodtsova S.B., Filippova E.I., Ovchinnikova A.S., Magerramova A.V., Ryzhikov A.B., Maksyutov R.A. Genome Features and In Vitro Activity against Influenza A and SARS-CoV-2 Viruses of Six Probiotic Strains // BioMed Research International. – 2021. – V. 2021. – ID 6662027, 11 p. (DOI: https://doi.org/10.1155/2021/6662027).
В настоящее время продолжается совместная работа ФБУН ННИИЭМ им.академика И.Н.Блохиной Роспотребнадзора и ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора (г. Новосибирск) по изучению противовирусной активности производственно-перспективных пробиотических штаммов лактобацилл, выделенных от здоровых людей различных возрастных групп, из коллекции Нижегородского НИИЭМ против рота-, норовирусов, высоко патогенных вирусов гриппа и различных геновариантов вируса SARS-CoV-2.
Организация лабораторных исследований и мониторинг COVID-19 во ФБУН ННИИЭМ им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора
Специалистами научных лабораторий института, на основе функционирующих на их базе научно-методических центров, включая Региональный научно методический центр по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней II–IV групп патогенности ПФО, органам здравоохранения и учреждениям Роспотребнадзора оказывается консультативная и практическая помощь в оценке эпидситуации по заболеваемости COVID-19, проведении и совершенствовании лабораторной диагностики SARS-CoV-2, проводятся экспертно-диагностические, скрининговые и верификационные исследования.
 |
 |
Для оказания помощи практическому здравоохранению Нижегородской области Институт временно передал здание своего структурного подразделения – клиники инфекционных болезней в распоряжение ГБУЗНО «Инфекционная больница № 2» для расширения коечного фонда и оказания медицинской помощи больным коронавирусной инфекцией, в том числе силами врачей, среднего и младшего медицинского персонала Института.
В период с 29.01.2020 г. по 29.03.2020 г. институтом оказана практическая и консультативно-методическая помощь ФБУЗ ЦГиЭ девяти субъектов ПФО (Кировская, Ульяновская, Пензенская, Нижегородская области, Республики Татарстан, Марий Эл, Мордовия, Чувашская Республика, Удмуртская Республика), а также Ивановской области и Республики Коми. Проведена ПЦР-диагностика 742 образцов клинического материала от 403 человек (14 – больные, 85 – контактные, 127 – здоровые, 4 – повторно обследованные) с отрицательным результатом. Впервые РНК SARS-CoV-2 была обнаружена 30.03.2020 г. в образце респираторного мазка от пациента с внебольничной пневмонией, поступившего из ФБУЗ «ЦГиЭ в Ивановской области».
По поручению Федеральной службы (от 27.03.20 г. № 02/5325-2020-27 «Об организации лабораторной диагностики COVID-19») Институтом оказывается практическая помощь учреждениям здравоохранения и Роспотребнадзора Ивановской области по проведению скрининговых ПЦР исследований на коронавирусную инфекцию, за весь период выполнено более 3000 исследований.
 |
 |
Сотрудниками Института оказана практическая помощь 24 учреждениям здравоохранения г. Нижнего Новгорода (ГБУЗ НО «ГКБ № 3», «ГКБ № 10», «ГКБ № 12», «ГКБ № 28», «ГКБ № 30», «ГКБ № 33», «ГКБ № 38», «ГКБ № 39», «ГКБ им. Семашко», ПОМЦ, НОДКБ и др.) по проведению диагностических исследований респираторных мазков от 930 пациентов с диагнозом «Внебольничная пневмония». У 240 (25,8 %) пациентов обнаружена РНК коронавируса SARS-CoV-2.
По запросу Управления Роспотребнадзора по Нижегородской области (от 03.06.2020 г. №52-00-08/09-4491-2020) с 05.06.2020 г. институт выполнял верификационные исследования для диагностических лабораторий г. Нижнего Новгорода и Нижегородской области, проводящих скрининговые ПЦР-исследования на COVID-19. Всего с данной целью исследовано 6693 респираторных мазков от пациентов различных медицинских организаций.
В целях обеспечения качества лабораторных исследований по верификации возбудителя COVID-19 и оперативного получения достоверных результатов сотрудниками института проведена большая работа по подготовке различных методических писем и инструкций по стандартизации долабораторного этапа диагностики. Подготовленные материалы по соблюдению требований преаналитического этапа исследований с подробным описанием алгоритма взятия респираторных мазков, хранения и доставки биоматериала были разосланы Управлениям Роспотребнадзора и ФБУЗ ЦГиЭ и учреждениям здравоохранения субъектов ПФО, ФБУЗ ЦГиЭ в Республике Коми, Управлению Роспотребнадзора по Ивановской области, Департаменту здравоохранения Ивановской области (от 28.01.2020 г. № 152-50-02/08-66-2020; от 30.03.20 г № 152-50-02/08-344-2020; от 26.04.20 г № 152-50-04/08-547-2020; от 27.04.20 г. № 152-50-04/08-562-2020; от 03.05.20 г. № 152-50-04/08-602-2020; от 05.05.20 г. № 152-50-04/08-610-2020; от 07.05.20 г. № 152-50-04/08-633-2020; от 12.05.20 г. № 152-50-04/08-659-2020; от 18.05.20 г. № 152-50-04/08-687-2020).
Подготовка кадров. Образовательный компонент в системе эпидемиологического надзора за COVID-19
25 сотрудников Института прошли повышение квалификации по теме «Актуальные проблемы микробиологии. Безопасность работы с возбудителями III–IV групп патогенности» (72 часа) с углубленным изучением эпидемиологических, иммунологических и др. аспектов, касающихся новой короновирусной инфекции COVID-19.
Шесть сотрудников получили дополнительной профессиональное образование в системе непрерывного медицинского образования (НМО) в виде краткосрочных on-line курсов (18 часов) по клиническим аспектам COVID-19, получены сертификаты.
Организовано регулярное информирование всех научных сотрудников института современным методическим рекомендациям, инструкциям и распоряжениям службы Роспотребнадзора по актуальным аспектам профилактики, диагностики и эпидемиологии COVID-19.
Разработана и утверждена Ученым Советом Института программа дополнительного профессионального образования (повышение квалификации в виде стажировки на рабочем месте) «Индикация бактериальных и вирусных патогенов – возбудителей инфекционных болезней человека методом ПЦР” (18 часов). Информация о возможной стажировке разослана всем заинтересованным организациям ПФО.
 |
 |
